NVIDIA Tesla на службе у биологов

Компания NVIDIA представила систему Tesla BIO Workbench. Она позволяет превратить стандартный ПК в вычислительную лабораторию, способную обрабатывать сложные биологические коды в таких областях, как создание лекарств и определение последовательности ДНК, со скоростью в 10-20 раз быстрее благодаря мощным графическим процессорам.

Tesla Bio Workbench включает набор оптимизированных под GPU бионаучных приложений для исследований в области молекулярной динамики и квантовой химии, включая AMBER, GROMACS, LAMMPS, NAMD, TeraChem, VMD, и приложений биоинформатики, таких, как CUDASW++ (Smith-Waterman), GPU-HMMER и MUMmerGPU.

Как отметил Тодд Мартинез (Todd Martinez), профессор по физической и теоретической химии в Стэнфордском Университете, с помощью TeraChem вычисления, раньше занимавшие несколько дней или даже недель на кластере, теперь быстро выполняются на рабочих станциях с GPU NVIDIA. Росс Уолкер (Ross Walker), профессор суперкомпьютерного центра Сан-Диего, UC San Diego, совместно со своими коллегами пришел к выводу, что при использовании AMBER для симуляции гидролиза ферментов целлюлозы производительность одного GPU NVIDIA эквивалентна кластеру из 10 узлов.